Ennen nukahtamista Primus valmisteli Transformereille ainutlaatuisen lahjan - kristallin, jonka sisään Primus vuodatti omaa elinvoimaansa. Näin syntyi salaperäinen matriisi jonka oli määrä auttaa Transformereita Primuksen unen aikana. Matriisilla on minia ominaiksuusia. Sitä voidaan käyttää elektroniikan ja mekaanisten osien korjaamiseen, mutta vielä terkeämpää on se, että sen avulla voidaan luoda kokonaan uutta elämää: uusi persoonallisuus asetetaan tyhjään aivomoduliin. Matriisi kantaa sisällään osan kantajansa viisaudesta, ja niinpä jokainen saa käyttöönsä edeltäjänsä kokemuksen ja tiedot. Kantaja on näin ollen tietoinen menneisyydestä, mutta matriisi antaa kantajalle myös aavistuksia siitä, mitä on tulossa. Jo ammoisista aljoista alkaen on vanhimmista Transformereista koostuva neuvosto päättänyt sen, ketkä ovat kelvollisia kantamaan matriisia. Kokelaiden tärkeimpiä ominaisuuksia pidetään viisautta ja rohkeutta. Raaka voima on vähemmän tärkeää. Matriisiin ominaisuuksien voisi uskoa tekevän siitä Decepticonien himoitseman saaliin, mutta matriisin tuntevat harvat ja valitut Autobotit suojelevat salaisuutta viimeiseen asti. Monet uskovat matriisia pelkäksi legendaksi, ja monien mielestä se on pelkkä arvoton vallan symboli - aivan kuten valtikka ja valtakunnanomena olivat muinoin.
Matrixin rooli ja ominaisuudet eri sarjoissa[]
Matrixilla on Transformers-sarjasta riippuen aina erilainen rooli. G1:ssä, kuten ylläolevassa lukee Primus loi Matrixin, mutta muissa sarjoissa sen rooli ja ominaisuudet ovat erilaisia ja alkuperä usein hämärän peitossa.
- Beast Wars & Beast Machines: Matrix löytyy Beast Warsissa Optimus Primen ruumiista ja Matrix "tyhjenee" kun Optimus Primal imee sen kautta Primen kipinän voimat. Myöhemmin Primen kipinä palautetaan Matrixin "astiaan" ja Optimus Prime herää hetkeksi eloon.
- Robots In Disguise: Matrixia ei näytetä, mutta Ultra Magnus yrittää viedä sen Optimus Primeltä. Matrixin alkuperästä yms. ei kerrota mitään.
- Transformers Armada: Matrix on mystinen esine, jonka alkuperästä ei kerrota mitään. Optimus Prime sanoo sen sisältävän tiedot kaikista Autobottien johtajista. Vaikkei Matrixin alkuperää valoitetakaan näyttää Matrixilla olevan kuitenkin suuri symbolinen merkitys Autoboteille. TV-sarjan viimeisessä jaksossa Optimus Prime toteaa, ettei ansaitse kantaa sitä ja jättää matriisin mitä ilmeisimmin avaruuteen leijumaan. Ilmeisesti tämän takia Matrixia ei esiinny ollenkaanTransformers Energonissa.
- Transformers Cybertron: Matrixista ei kerrota juuri mitään, mutta se sisältää mystisiä voimia ja Red Alertin mukaan luo jonkinlaista energiaa. Optimus Prime avasi Matrixin avulla Omega-lukon.