This is why I hate the machines
Ratchet está intentando descifrar las indicaciones dejadas por Bulkhead en pequeñas notas (post it), algo acerca de ajustar un dispositivo del puente espacial capaz de hallar a Omega. En ese momento, el capitán Fanzone llega buscando a Isaac Sumdac, pero le salen al encuentro 2 pequeños robots de seguridad que lo atacan. Fanzone le pide ayuda a Ratchet, pero éste sigue descifrando las notas, entre ellas, que no toque el compensador auxiliar de balance, cosa que ya había hecho, activando el puente, que atrae a Fanzone hacia algún punto en el espacio. Ratchet va tras él.
Fanzone se levanta, esperando no ver otro robot, cuando ve que está rodeado de ellos y más grandes que él y uno casi lo pisa, pero al verlo, el robot se asusta y todos se alejan de él. La amiga del robot le dice que lo pise y éste le obedece y trata de aplastarlo pero Ratchet rescata al capitán que no puede creer que estén en Cybertron.
Cerrado por seguridad. Es el mensaje que encuentra Ratchet al visitar el bar de aceite al que solía ir anteriormente. ¿A quién se le ocurriría hacer algo así? La respuesta la encontró a su lado, en un panel publicitario, donde ve la propaganda de Sentinel en la que advierte a la población del peligro de los decepticons, mostrando incluso una imagen de Ultramagnus deshecho, asegurando que él continuará desafiando al enemigo y trayendo la paz y seguridad al planeta. (sí, claro)
Ratchet se pregunta qué pasa con Cybertron cuando él y Fanzone son flanqueados por Sentinel, Jazz y los gemelos. Sentinel le pregunta a Ratchet por qué ha traído un orgánico al planeta, Jazz entretanto, se acerca a Fanzone, reconociendo haberlo visto antes y éste le dice que aún no sabe lo qué siente por las máquinas. Sentinel acusa a Ratchet de haber usado un puente espacial, pero Ratchet replica que no hay uno a su alrededor, cosa que es apoyada por los gemelos. Sentinel le pregunta cómo entonces él detectó la energía transwarp, a lo que Ratchet tiene dos palabras: Omega Supreme.
Sentinel se burla de la teoria de Ratchet y no cree que Omega esté flotando en algún lugar de Cybertron, pero en efecto así es, sorprendiendo a Sentinel. Finalmente, ordena la detención de Ratchet y Fanzone. Por fin Megatron ha llegado a Cybertron y está a punto de poder controlar en absoluto la más grande obra autobot.
Ratchet y Fanzone son llevados ante el Concejo, donde Sentinel dice que deben destruir a Omega. Ratchet rechaza esa opción porque podría ser el fin de Cybertron al liberarse tanta energía transwarp. Sentinel dice que nadie pidió su opinión, pero Perceptor interviene, defendiendo el derecho de Ratchet a expresarse dado que es un médico experimentado. Sentinel dice que ésa es una decisión que concierne a Ultra o a él y que debería pensar en destruir a Megatron antes que acabe con Ultramagnus. El Concejo va a deliberar pero Ratchet le recuerda que Omega es un autobot, un amigo. Sentinel lo acusa de traición y ordena a los gemelos capturarlos. Cuando van a hacerlo, Fanzone estornuda y Ratchet aprovecha el desconcierto para huir. Sentinel y Jazz los persiguen.
Al no encontrarlos, Sentinel ordena a Jazz establecer un perímetro en Metroplex e impedir que salgan del sector, los quiere de vuelta sin importar si vienen en partes o no. A los gemelos los manda por energón para hacer explotar a Omega, decida lo que decida el Concejo.
Jazz parece meditar la situación y enseguida descubre un punto de partida: Una alcantarilla. Efectivamente, Ratchet había tomado esa vía para huir, dado que era una vía que ningún autobot había usado en años, pero todos los indicios dan a entender que alguien la ha estado usando. Cuando Ratchet y Fanzone investigan, Shockwave, con el martillo de Ultramagnus, se presenta y pide los códigos de acceso a Omega Supreme. Ratchet se niega y ambos pelean pero Shockwave le derriba y se va. Ratchet sobrevive y dice que deben ir a la enfermería.
El Concejo pregunta a Sentinel por qué ha activado a Fortress Maximus sin su consentimiento, ya que aún están deliberando, pero Sentinel les dice que sólo se prepara para cuando tenga que destruir a Megatron cuando sea Magnus. El Concejo entiende y le informa que en breve le dirán cuál es su decisión. Sentinel ordena a los gemelos calcular el disparo, ante la sorpresa de Megatron que no concebía que un autobot fuese tan tonto como para dispararle.
Camino a la enfermería, Ratchet intenta sacar el pase de un vigilante autobot, pero éste se niega, entonces Ratchet le amenaza con echarle a Fanzone, éste comprende el plan y asusta al vigilante de tal manera que termina por darle el pase.
Denegado. El pase no sirve y Ratchet se da cuenta que lo engañaron. Las cosas parecen complicarse al aparecer Jazz (¡Parece como si alguien les hubiera dado un pase bamba!) Ratchet alista sus magnetos, pero Fanzone le dice que se relaje. Sin importar lo que Fanzone y Ratchet le digan, Jazz introduce su propio pase para abrir la puerta de la enfermería, dejando a Fanzone y a Ratchet boquiabiertos. Jazz les da su pase y cierra la puerta, dejándolos continuar su camino.
Ratchet y Fanzone llegan hasta un lugar donde se encuentra Arcee, inconsciente, pero alguien más los había seguido: Shockwave, pero Ratchet se adelanta y lo derriba, luego huye con Arcee y Fanzone. Ratchet le explica a éste último por qué Arcee es tan importante. Shockwave en su forma de tanque cibertroniano les dispara. Ratchet pone a Fanzone y a Arcee a salvo y le dice a Fanzone que se queden ahí (¡Como si tuviera otra elección! , exclama Fanzone)
Shockwave sorprende a Ratchet con un martillazo que apenas es contenido por el autobot, pelean y Ratchet da contra una pared que se quiebra, dejando un hueco por el cual ingresa Shockwave para encontrarse nada menos que con Ultramagnus. Este está a punto de destrozarlo con su propio martillo, pero Ratchet utiliza el arma que Lockdown alguna vez le quitó y se apodera del martillo. Sentinel llega hasta la enfermería y conmina a Ratchet a que deje el martillo y de un paso lejos. Se oyen disparos y ruidos en la otra habitación y Ratchet se da cuenta que Shockwave escapa con Arcee, por tanto, tiene los códigos en su poder. Sentinel da la orden de disparar al os gemelos, ante las protestas histéricas de Ratchet. Fanzone sale de unas rocas y dice su conocida frase, agregando: "Algunas más que otras", en referencia a Sentinel. El disparo se lanza pero Omega hace el salto transwarp antes y Cybertron no es afectado por su poder.
Entretanto, el Concejo echa en cara la imprudencia de Sentinel al dispararle a Omega Supreme, pero éste insiste en que lo haría de nuevo con tal de salvar Cybertron. Alfa Trion no está de acuerdo (si por mí fuera, no te daría otra oportunidad)
Todos están de acuerdo en que Ratchet y el "orgánico" hicieron un buen trabajo. Así, Fanzone dice que es tiempo de regresar a la tierra